این سال ها اولین پروازهای زاگرس در پهنای آسمان ایران صورت گرفت با گذشت زمان و بنا به تصمیم مدیران شرکت جهت تغییر ناوگان از هواپیمای شرقی به هواپیمای غربی با ورود 2 فروند هواپیمای بوئینگ MD در سال 1386 فعالیت شرکت رنگ و بوی دیگری گرفت.
اولین پرواز زاگرس درسال 1387 در مسیر تهران - اهواز انجام شد. اولین پرواز بین المللی زاگرس با پرواز تهران به مقصد دمشق انجام گرفت.
هم اینک هواپیمایی زاگرس با داشتن 9 فروند هواپیمای ملکی و پرواز به اغلب فرودگاه های کشور سهم به سزایی را در حمل و نقل هوایی کشور به عهده دارد. تضمین کیفیت پرواز و ایمنی مسافرین در پرواز های شرکت هواپیمایی زاگرس سرلوحه کار تمامی قسمت های شرکت می باشد.
منبع: شركت هواپيمايي زاگرس