به گزارش خبرنگار پایگاه خبری وزارت راه و شهرسازی یكی از مشكلات اصلی در فرآیند ترانزیت، عدم ثبات در قوانین و مقررات ترانزیت است كه موجب می‌شود ریسك عبور كالا از ایران به طرز قابل‌توجهی افزایش پیدا كند. ایجاد ممنوعیت و محدودیت برای ترانزیت كالا كه توسط نهادهای مختلف حاكمیتی وضع می‌شود، یكی از مصداق‌های عدم ثبات قوانین ترانزیت است. برای رفع این مشكل، در تاریخ ۱۳۹۳/۱۲/۱۱ بخشنامه‌ای به امضای معاون اول رئیس‌جمهور رسید كه در آن بر مرجعیت شورای عالی هماهنگی ترابری كشور در تمامی تصمیمات تأثیرگذار بر فرآیند ترانزیت، تأکید شده بود.
یكی از موارد نقض این بخشنامه و دیگر قوانین جاری ترانزیت در كشور، ایجاد ممنوعیت برای ترانزیت كالای دخانی بود. بر اساس تصمیم اتخاذشده در جلسه ۱۰۶ ستاد مبارزه با قاچاق كالا و ارز مورخ ۹۴/۷/۱۴ اخذ مجوز از مركز برنامه‌ریزی و نظارت بر دخانیات برای ترانزیت محمولات دخانی الزام گردیده و به دنبال آن گمرك با صدور بخشنامه‌ای خلاف مقررات ترانزیت كالای دخانی را با محدودیت و موانع جدی رو‌به‌رو كرده بود.
برای حل این موضوع به‌عنوان نمونه‌ای از تصمیمات خودسرانه و خلاف روال قانونی كه جذابیت ترانزیت از قلمرو کشور را کاهش می‌دهد، دفتر طرح جامع و مدل‌های حمل‌ونقل با طرح این موضوع در شورای عالی هماهنگی ترابری كشور و برگزاری جلسات كارشناسی متعدد، موفق شد با مصوبه این شورا هرگونه ممنوعیت و محدودیت‌های غیرمنطقی وضع‌شده برخلاف قانون و مقررات در زمینه ترانزیت كالای دخانی را لغو نماید و از تاریخ ۲۲ آبان ۱۳۹۶ با بخشنامه گمرك جمهوری اسلامی ایران، ترانزیت كالای دخانی از قلمرو ایران آزاد بدون نیاز به اخذ مجوز از مرکز برنامه‌ریزی و نظارت بر دخانیات آزاد گردید.
این اقدام در حالی صورت گرفت که پیش زمینه آن که در گزارش پنجم که با عنوان «عارضه‌یابی فرآیند ترانزیت و شناسایی ۶۶ مشکل تاثیرگذار بر این بخش» منتشر شد؛ عنوان گردید که با توجه به موقعیت استراتژیك ایران در منطقه، ترانزیت كالا و نقش‌آفرینی در زنجیره تامین بین‌المللی می‌تواند یكی از راهكارهای اصلی برای رشد اقتصادی و درآمدزایی در كشور باشد.
بررسی روند ترانزیت در سال‌های گذشته نشان می‌دهد كه یكی از دلایل اصلی عدم رشد قابل توجه در این زمینه، مشكلات نرم‌افزاری و عدم هماهنگی میان نهادهای ذی‌ربط است. در راستای حل این مشكل، دفتر طرح‌جامع و مدل‌های حمل‌ونقل اقدام به شناسایی مشكلات فرآیند ترانزیت در كشور نمود تا با ایجاد هماهنگی میان نهادهای ذی‌ربط و استفاده از پتانسیل شورای‌عالی هماهنگی ترابری كشور به عنوان مرجع نهایی درباره تمامی تصمیم‌های تاثیرگذار در حوزه ترانزیت، وضعیت ترانزیت كشور را بهبود بخشد.