اصل ۳۱ قانون اساسی داشتن مسکن متناسب را حق هر فرد و خانواده ایرانی دانسته و دولت را موظف به حمایت از اقشار کم‌درآمد در تحقق این حق دانسته است. لذا همواره تأمین مسکن اقشار کم‌درآمد در برنامههای دولت‌ها مورد توجه قرار گرفته است و با چالش‌های متعددی نیز روبه‌رو بوده است. مروری بر برنامههای تأمین مسکن در دوارن‌های مختلف و تحلیل آن‌ها، بیانگر مهم‌ترین چالش‌های زیر در این زمینه است:
«حق» بهره‌برداری از مسکن حمایتی در قالب مسکن اقشار کم‌درآمد؛ داشتن مسکن حقی است که ریشه در قانون دارد و دولت‌ها (به‌مفهوم عام نماینده نظام حکمروایی) مکلف به حمایت از اقشار ضعیف در دستیابی به حق خود هستند. اما تعریف ساز و کار دقیق و روشن برای شناسایی گروهی که مشمول حمایت دولتی در تحقق این حق هستند، همواره مورد غفلت قرار گرفته است. شاخص‌هایی که بهره‌برداری از این حق را تعریف می‌کنند در دو دسته شاخص‌های اجتماعی- اقتصادی و شاخص‌های مکانی قابل تقسیم هستند و ضروری است که صاحبان این حق تعریف شوند. براین اساس، افراد محق، حقی بر گردن نظام حکمروایی دارند که می‌توانند آن را در نظام حقوقی کشور مطالبه نمایند و رویکرد سلیقه‌ای دولت‌ها نمی‌تواند این حق را از ایشان سلب کند، به دیگری دهد و یا به‌عنوان یک امتیاز سیاسی از اعطای آن بهره‌برداری کند.
شناسایی اقشار کم‌درآمد: با مشخص کردن دقیق گروه‌های هدف طرح‌های مسکن اجتماعی، می‌توان با صرف منابع عمومی کمتر، اقشار هدف را بهتر و کاراتر مورد حمایت قرار داد. با مصرف دقیق منابع محدود، امکان بیشتری نیز برای حمایت از تأمین مسکن اقشار با درآمد متوسط با بهره‌گیری از سایر روش‌های حمایتی وجود خواهد داشت. از نظر جایگاه اقتصادی و اجتماعی، استطاعت‌پذیری تأمین مسکن باتوجه به سطح درآمد و توان افراد در این زمینه، تعیین‌کننده است که معمولاً باتوجه به توان اقتصادی دولت‌ها در تعیین جامعه مخاطب و همچنین شرایط اقتصادی، جامعه هدف طرح‌های مسکن اجتماعی تعیین می‌شوند و لازم است که روشن و دقیق و مبتنی بر داده‌های آماری صحیح تعیین شوند.
توجه به ظرفیت‌پذیری اسکان جمعیت، هماهنگی با طرح‌های بالادست و توازن برنامهریزی اسکان: توجه به ظرفیت‌های محیط زیست و همچنین، میزان اشتغال در تخصیص منابع زمین و برنامهریزی اسکان در بسیاری از برنامهها مغفول مانده و تقاضا به‌عنوان معیار برنامهریزی درنظر گرفته شده است. عدم توجه به رویکرد آمایشی و حتی ظرفیت‌های جمعیت‌پذیری پیش‌بینی شده در طرح‌های توسعه و عمران، مشکلات قابل‌توجهی از نظر آلودگی محیط زیست و کمبود منابع آب را به‌دنبال دارد.
نهاد تامین مسکن اقشار کم‌درآمد: علیرغم اولویت و اهمیت توجه به نقش نظام حکمروایی در تأمین مسکن اقشار بسیار ضعیف که دهک‌های ۱ تا ۴ جامعه را تشکیل می‌دهند، اغلب برنامههای حمایتی دولت‌ها در دوران‌های گذشته و در دوران کنونی معطوف به اقشار میانی از نظر اقتصادی است و تأمین مسکن دهک‌های پایین جامعه در عمل به نهادهای حمایتی نظیر کمیته امداد و بهزیستی واگذار شده که برنامه هماهنگ و یکپارچه و تعریف شده‌ای در این مورد نیز ارائه نشده است و این گروه، علیرغم نیاز شدیدشان، از چرخه حمایتی ساختارمند نظام حکمروایی در تأمین مسکن حذف شده‌اند.
عدم‌ثبات پیش‌فرض‌های برنامهریزی: برنامهریزی برای حمایت دولتی از تحقق خانه‌دار شدن اقشار کم‌درآمد در قالب مسکن اجتماعی یا حمایتی، باید باتوجه به توان واقعی جامعه هدف انجام شود. عدم به‌روزرسانی برنامهها متناسب با شرایط اقتصادی حاکم، اغلب منجر به برون‌رفت مخاطبان واقعی از گردونه حمایتی و جایگزینی آن‌ها با لایه‌ای از جامعه که از توانمندی اقتصادی بالاتری برخوردارند، شده و در عمل، گروه هدف واقعی همچنان به عنوان گروه متقاضی مسکن باقی می‌مانند. داشتن شغل برای مخاطبین طرح‌های حمایتی مسکن، به‌عنوان پشتوانه تحقق برنامه ضروری است. کلیه برنامههای ایجاد اشتغال در کشور با پیش فرض نرخ رشد اقتصادی کشور برنامهریزی می‌شود. نوسانات گسترده در میزان رشد اقتصادی در سال‌های اخیر تأثیر قابل‌ملاحظه‌ای در توان اقتصادی مشارکت گروه مخاطب طرح مسکن حمایتی دارد و برنامهریزی را متأثر نموده و ممکن است که مخاطبین اصلی را از برنامه خارج نماید. لذا تغییر رویکرد به‌سمت برنامهریزی منعطف و پویا با قابلیت ارزیابی در فرایند اجرا ضروری است.
مسکن استیجاری: در اغلب کشورها، راهکار ارائه شده برای گروه کم‌درآمد، مسکن استیجاری است که نظام حکمروایی باتوجه به استطاعت مالی خانوارها در قالب الگوهای حقوقی مختلف، تمام یا بخشی از آن را پوشش می‌دهند. مسکن استیجاری در طی برنامههای توسعه به دلیل آنکه نظام تخصصی اجاره‌داری و زیرساخت‌های قانونی آن در ایران وجود ندارد، در هیچ یک از برنامهها از توفیق قابل توجهی برخوردار نبوده است و اقدام پایه‌ای برای تحقق آن نیز صورت نگرفته‌است.
مکان‌یابی و الگوی برنامهریزی مسکن اقشار کم‌درآمد: باید در راستای اصل عدالت فضایی باشد. مکان‌یابی پروژه‌های مسکن در حاشیه شهرها و گاه درفاصله چند ده کیلومتر از کانون‌های زندگی شهری که اغلب به دلیل دسترسی به منابع زمین ارزان است، علاوه بر جداسازی طبقات اجتماعی، ايجاد تمايز فضایي و هويتي و دورساختن قشر محروم از خدمات شهری که حق همه شهروندان است، مشکلات دیگری را نیز با خود به همراه دارد. این طرح‌ها در عمل و به‌خصوص باتوجه به محدودیت اعتبارات دولتی، فرصت توسعه میان افزا یا بهسازی بافت‌های فرسوده شهری را خواهند گرفت و به جای آن، همان‌طور که تجربه مسکن مهر نشان می‌‌دهد، در فاصله میان مکان احداث پروژه و محدوده ساخت و ساز شهری فرصتی برای گسترش سکونتگاه‌های خودرو را فراهم می‌آورد. از طرف دیگر، ایجاد ظرفیت جدید ساخت‌وساز در فضای مابین محدوده ساخته‌شده شهر و پروژه‌های مسکن ساخته شده به ناچار به افزایش رسمی محدوده شهری و جمعیت‌پذیری شهرها منجر شده است.
یکی از مشکلات بزرگ دیگر در این خصوص، ساخت‌وسازها در بر روی زمین‌های کشاورزی است. بررسی‌های انجام شده در شهر تهران بیانگر آن است که نسبت مساحت ساخته شده روی زمین‌های کشاورزی به کل ساخت و ساز در فاصله سال‌های ۱۳۷۹ تا ۱۳۹۲ برابر ۳۰.۵ درصد بوده است.
عدم امکان و یا هزینه بالای تأمین خدمات زیربنایی از مشکلات دیگر ساخت و ساز در حاشیه شهرها است، در حالی‌که براساس بند )د( تبصرة۶ قانون بودجه سال ۱۳۸۶ تصریح شده بود که واگذاری زمین فاقد امکانات زیربنایی ممنوع است.
مشکلات محیط زیست، از جمله ورود آب‌های آلوده به مخازن آب زیرزمینی به علت عدم پیش‌بینی شبکه فاضلاب و عدم توسعه حمل و نقل محور و دوری از مراکز خدماتی شهری نیز از مسائل مهمی است که باید به آن افزوده شود.
منابع زمین: درحال‌حاضر، زمین مهم‌ترین منبع در اختیار دولت است که می‌تواند اهرم تحقق برنامههای مسکن حمایتی تلقی شود. باتوجه به محدودیت شدید منابع زمین مناسب برای سکونت در شهرها و تبعاتی که برنامه‌ریزی‌های زمین و مسکن برای شهرسازی کشور درپی خواهد داشت، استفاده مناسب از این منبع که بتواند بیشترین نتیجه‌بخشی در تأمین مسکن اقشارکم‌درآمد را با کمترین تبعات برای نظام شهرسازی کشور و محیط زیست داشته باشد، وظیفه مهم نظام حکمروایی کشور است؛ اما در عمل برنامه تأمین مسکن اقشار کم‌درآمد در موارد بسیاری به ابزاری برای گسترش محدوده قانونی شهرها و برخورداری طیفی خاص از منافع آن بدل می‌شود.
حداقل ابعاد و الگوی تراکمی مسکن: حداقل ابعاد مسکن کوچک مقیاس و الگوی تراکمی آن، اغلب تابع شرایط بستر قرارگیری نبوده و از الگوهای ثابتی برای کل کشور تبعیت می‌کند. ابعاد مطلوب مسکن، متناسب با الگوی سکونت و ویژگی‌های کالبدی در شهرهای مختلف ایران متغیر است و لازم است که در بستر طرح‌های توسعه و عمران شهرها تعریف شوند. کیفیت فضای زیستی تا حد زیادی در پروژه‌های تأمین مسکن اقشار کم‌درآمد تحت‌الشعاع ضرورت‌های اقتصادی قرار می‌گیرد و ویژگی‌های فرهنگی و اجتماعی و کیفیت محیط مورد غفلت واقع می‌شود.
در نهایت این‌که، موارد فوق بیانگر آن است که برنامهریزی برای تأمین مسکن اقشار کم‌درآمد نیازمند رویکردهای بنیادین در تعریف و شناسایی صاحبان حق برخورداری از حمایت‌های دولتی برای تأمین مسکن، تفکیک گروه‌های مخاطب و برنامهریزی هماهنگ و یکپارچه برای دهک‌های پایین همگام با دهک‌های میانی و همچنین، برنامهریزی پویا و متغیر متناسب با شناخت از شرایط اقتصادی جامعه است.