در سال 1367 تاسيس شركت سهامی خاص پايانه‌های عمومی وسايل نقليه باربری با هدف بهره‌برداری، توسعه، نگهداری و احداث پايانه‌های عمومی و مجتمع‌های خدماتی رفاهی- بين‌راهی تصويب شد. پس از تشكيل اين شركت كه رياست مجمع عمومی آن با وزير راه و ترابری بود عملا بخشی از امور جاری در امور حمل‌ونقل عمومی برعهده اين شركت دولتی قرار گرفت.

در تاريخ 3/8/73 در پنجاهمين جلسه شورای عالی اداری كشور، بنا به پيشنهاد مشترك وزارت راه و ترابری و سازمان امور اداری و استخدامی كشور با جدایی وظايف حمل‌ و نقل جاده‌ای از تشكيلات وزارت متبوع و ادغام آن در شركت سهامی خاص پايانه‌های عمومی وسايل نقليه باربری، سازمان حمل‌ و نقل و پايانه‌های كشور ايجاد و اولين تشكيلات سازمان حمل ‌و نقل و پايانه‌های كشور در سال 1374 به تصويب رسید.

اين سازمان در بدو تاسيس دارای دو شركت وابسته به نام‌های شركت حمل‌ و نقل جمهوری اسلامی ايران و شركت حمل‌ و نقل بين‌المللی جمهوری اسلامی ايران بود كه در سال 1381 طبق مصوبه شورای عالی اداری، شركت حمل ‌و نقل جمهوری اسلامی ايران از سازمان منفك شد.

در آخرين تغيير تشكيلاتی، طی مصوبه شماره 74022/1901 مورخ 22/4/82 شورای عالی اداری كليه وظايف، نيروی انسانی، تجهيزات، تعهدات و اعتبارات معاونت راهداری وزارت راه و ترابری به سازمان حمل‌ و نقل و پايانه‌های كشور منتقل و معاونت مذكور از تشكيلات وزارت راه و ترابری حذف شد و طبق بند 5 مصوبه مذكور، وظايف و اداره امور دبيرخانه شورای عالی ترابری كشور از سازمان منتزع و به وزارت راه و ترابری منتقل شد و نام سازمان به سازمان راهداری و حمل‌ونقل جاده‌ای تغيير کرد.